阴茎根部上面疼的原因可能有前列腺炎、泌尿系感染、精索静脉曲张等。具体如下：
一、前列腺炎
1.病因：前列腺炎多由病原体感染或其他原因引起，不规律性生活、久坐、酗酒、辛辣饮食等可能是诱发因素。
2.症状表现：患者可出现盆底区域疼痛、尿频、尿痛、尿道分泌物异常、性功能障碍以及阴茎根部上面疼等症状。
3.治疗方法：急性前列腺炎可通过静脉注射广谱青霉素、三代头孢菌素、氨基糖苷类等广谱抗菌药物来迅速控制炎症；慢性前列腺炎可服用左氧氟沙星、阿奇霉素等药物进行治疗。
二、泌尿系感染
1.病因：病原体在尿路中生长、繁殖导致感染，病原体包括细菌、支原体、衣原体、病毒等。
2.症状表现：主要有尿频、尿急、尿痛、耻骨上膀胱区域及尿道灼烧感、阴茎根部上面疼等。
3.治疗方法：可应用磷霉素、氧氟沙星、环丙沙星等药物进行治疗；膀胱刺激征和血尿明显者，可口服碳酸氢钠片以碱化尿液、缓解症状、抑制细菌生长、避免形成血凝块。
三、精索静脉曲张
1.病因：是一种血管病变，即精索蔓状静脉丛的异常扩张、伸长和迂曲。
2.症状表现：主要为患侧阴囊增大，伴有坠胀感、隐痛，阴茎根部上面疼，步行或久站症状加重，平卧休息时症状可缓解。
3.治疗方法：对于静脉曲张程度轻、阴囊坠痛等临床症状不明显但精液质量明显异常的患者，可先采用七叶皂苷类、黄酮类等药物治疗；症状较严重的患者可采用手术治疗。
日常生活中，患者应避免穿束腰过紧的衣裤，选择宽松衣裤，控制烟酒，饮食清淡，避免食用辛辣刺激食物等。
总结：阴茎根部上面疼可能由多种原因引起，明确病因后采取针对性的治疗方法，同时在生活中也需注意相关事项以促进恢复。