阴茎长水泡是否会自然好不能一概而论，因其病因不同，有的能自然好，有的则不能，需采取相应治疗措施，建议及时就医检查并遵医嘱治疗，避免延误病情。具体如下：
一、能自然好的情况：
1.因外力挤压或频繁手淫、过度性生活等导致阴茎长水泡、水肿，一般注意休息并去除不利刺激，有可能自然恢复。
2.药物或接触致敏物引起的轻度局部过敏反应，去除致敏物后也可能自然好。
二、不能自然好的情况：
1.生殖器疱疹：由生殖器病毒感染引起的皮肤感染性疾病，多数通过性接触传播，早期会出现生殖器（包括阴茎）长水泡，水泡可逐渐破溃形成溃疡。需及时采取抗病毒治疗并按疗程用药，若未及时治疗或用药不规范，可能导致病情反复发作、迁延不断。
2.中重度过敏反应：接触致敏物引起阴茎长水泡，若过敏反应较重且去除致敏物短期内未自行恢复，则不能自然好，需及时选择抗过敏治疗措施，可遵医嘱外用醋酸氟轻松乳膏，或口服氯雷他定等药物进行治疗。
3.真菌感染：阴茎可能感染真菌，导致皮肤出现水泡、皮疹、红斑、糜烂、溃疡等症状，这种情况一般不会自然好，应及时选择抗真菌药物治疗，如复方酮康唑软膏、克霉唑乳膏等。
4.湿疹：由内外多种因素引起的皮肤炎性反应，如内分泌失调、感染或外伤、精神紧张、过敏等，可能导致阴茎有皮疹、水泡及局部皮肤黏膜糜烂、渗出等症状，湿疹引起的阴茎长水泡一般也不会自然好，可遵医嘱外用炉甘石洗剂、哈西奈德软膏等药物进行治疗。
总之，阴茎长水泡后应根据具体情况判断是否能自然好，必要时及时就医治疗，以免病情加重。