睡醒后头疼但不是偏头痛，可能与以下原因有关：
1.睡眠呼吸暂停综合征：睡眠时呼吸不畅，导致血液中氧气含量降低，二氧化碳含量过高，从而引起头疼。此外，还可能伴有打鼾、日间嗜睡等症状。
2.高血压：血压升高时，头部血管会扩张，牵拉刺激血管痛觉末梢神经，引发头疼。除头疼外，还可能出现头晕、耳鸣、鼻出血等症状。
3.颈椎病：颈椎病变时，可压迫椎动脉，导致椎基底动脉供血不足，从而引起头疼。疼痛多为发作性胀痛、跳痛，常伴有颈部发紧、发僵或活动受限等症状。
4.颅内感染：如脑炎、脑膜炎等，可引起颅内炎症反应，刺激脑膜或脑血管，导致头疼。同时，还可能伴有发热、恶心、呕吐等症状。
5.药物副作用：某些药物，如抗抑郁药、降压药等，可能会引起头疼的副作用。如果在服用这些药物后出现头疼，可咨询医生是否需要调整药物剂量或更换治疗方案。
6.心理因素：长期压力过大、焦虑、紧张等心理因素，可能导致头部肌肉紧张，引起头疼。此外，过度疲劳、睡眠不足、强光刺激等也可能诱发头疼。
7.其他原因：青光眼、中耳炎、鼻窦炎等疾病，以及头部外伤、贫血、低血糖等情况，也可能导致睡醒后头疼。
如果睡醒后头疼的症状持续不缓解或伴有其他不适，建议及时就医，进行相关检查，如头颅CT、脑电图、颈椎X线等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，在日常生活中，应注意保持良好的睡眠习惯，避免熬夜、过度劳累；保持心情舒畅，避免紧张、焦虑等不良情绪；适当进行体育锻炼，增强体质。