急性肾盂肾炎主要靠抗生素治疗，一般选用敏感抗生素，如喹诺酮类、半合成青霉素类等，通常需要用药10~14天。
抗生素的选择原则
经验性用药： 初始治疗多根据当地病原体流行情况选择抗生素。比如在社区获得性急性肾盂肾炎中，常用喹诺酮类药物，像左氧氟沙星等，这类药物对常见的致病菌有较好的抗菌活性。针对性用药： 当有药敏结果时，应根据药敏试验选用敏感抗生素。如果是革兰阴性杆菌感染，三代头孢菌素如头孢曲松等也是有效的选择。
不同人群的用药注意
孕妇： 孕妇患急性肾盂肾炎需谨慎用药，喹诺酮类药物可能影响胎儿发育，一般会选用毒性较小的抗生素，如头孢菌素类，像头孢呋辛等，需要医生根据具体情况权衡利弊后选择。儿童： 儿童使用抗生素要考虑药物的安全性和适用性，比如对于小于2岁的儿童，可能会选择毒性相对较低的阿莫西林/克拉维酸等药物，但也需要严格遵循儿童的用药剂量换算。
辅助治疗相关药物
碱化尿液药物： 可以辅助抗生素发挥作用，碳酸氢钠片能碱化尿液，减轻尿路刺激症状，一般每次0.5~1克，每日3次，但需在医生指导下使用，因为大量使用可能会引起碱中毒等不良反应。解热镇痛药物： 对于伴有发热、疼痛的患者，可使用解热镇痛药物对症处理，如对乙酰氨基酚，成人每次0.3~0.6克，每4~6小时一次，24小时内不超过4克，但要注意儿童的剂量是按体重计算的，且严重肝肾功能不全者慎用。