小便时阴囊疼痛可能由尿道炎、前列腺炎、睾丸炎等引起，患者需对症治疗。具体如下：
一、尿道炎：尿道炎主要是各种病原体导致的尿道感染。其症状包括尿道痒、尿痛、尿道口红肿等，也可能引发小便时阴囊疼痛。治疗时患者可遵医嘱使用如头孢克肟颗粒、红霉素片、克拉霉素片等药物。
1.头孢克肟颗粒：可用于多种细菌感染的治疗。
2.红霉素片：对一些敏感菌有较好抗菌效果。
3.克拉霉素片：能有效抑制相关病原体。
二、前列腺炎：前列腺炎在成年男性中较为常见。患者可能出现骨盆区域疼痛不适、排尿异常、性功能障碍以及小便时阴囊疼痛等症状。此时可遵医嘱应用盐酸环丙沙星片、氧氟沙星片、塞来昔布胶囊等药物进行治疗。
1.盐酸环丙沙星片：对前列腺炎有一定疗效。
2.氧氟沙星片：常用于此类疾病的治疗。
3.塞来昔布胶囊：可缓解疼痛症状。
三、睾丸炎：睾丸炎由细菌或病毒感染引起的炎症性疾病。患者可能有阴囊红肿、睾丸明显压痛等表现，所以小便时阴囊疼痛可能是睾丸炎导致的。患者可按医嘱使用左氧氟沙星片、头孢克肟片、阿莫西林胶囊等药物。
1.左氧氟沙星片：是常用的抗菌药物。
2.头孢克肟片：能有效对抗感染。
3.阿莫西林胶囊：对部分病菌有抑制作用。
总之，当出现小便时阴囊疼痛时，应及时就医明确病因，并在医生指导下选择合适的药物进行针对性治疗。