扁平疣治疗效果较好的方式包括药物治疗、物理治疗等。一般来说，综合治疗效果相对更佳。比如外用药物治疗配合物理治疗等方式。
外用药物治疗
维A酸类药物：像维A酸乳膏就可用于扁平疣治疗，它能调节细胞分化，帮助改善扁平疣症状，但使用时要注意避免接触正常皮肤，且可能会有局部刺激等反应。水杨酸制剂：水杨酸有一定角质剥脱作用，可帮助去除扁平疣表面角质，从而改善病情，但使用时需注意浓度等，避免对皮肤造成过度刺激。
物理治疗方法
冷冻治疗：通过低温使疣体坏死脱落。一般治疗后局部会有红肿、水疱等反应，通常1 - 2周左右水疱会干涸结痂脱落。不过对于一些较大或顽固的扁平疣可能需要多次治疗。激光治疗：利用激光的能量破坏疣体组织。治疗后要注意保持局部清洁干燥，防止感染，恢复时间相对较短，但也可能会有遗留色素沉着等风险，尤其是肤色较深的人要更谨慎。
自身免疫调节相关
免疫调节剂：对于一些反复发作或自身免疫功能不太好的患者，可能会使用免疫调节剂，比如干扰素等。但干扰素使用时可能会有一些全身反应，如发热等，需要在医生严密监测下使用。而且免疫调节剂的使用要根据患者具体身体状况来决定，不是所有扁平疣患者都适合。同时，患者自身要注意增强免疫力，比如保持良好的作息、合理饮食等，因为自身免疫力在一定程度上也有助于扁平疣的恢复，比如保证每天7 - 8小时充足睡眠，饮食上多摄入富含维生素和蛋白质的食物等。