扁平疣的治疗方法包括药物治疗、手术治疗、物理治疗，不存在绝对最好的方法，具体应根据个人体质和病情状况选择适合的。
一、药物治疗：
1.水杨酸软膏：可用于皮损较多或不宜进行物理治疗的情况。
2.0.05%～0.1%维A酸软膏：对扁平疣有一定疗效。
3.氟尿嘧啶软膏：能发挥相应治疗作用。
4.干扰素：可根据具体情况选择使用。
5.斑蝥素：是常用药物之一。
二、手术治疗：通过将自体疣植入皮下脂肪层的方式，刺激机体释放细胞因子，产生抗病毒抗体，进而清除表皮上的人乳头瘤病毒。
三、物理治疗：
1.冷冻疗法：医生利用液氮产生低温，致使皮损坏死、脱落，可能需多次重复治疗。
2.激光治疗：采用脉冲染料激光，利用高温让皮损坏死、脱落。
扁平疣患者一定要在医生指导下选择适合自己的治疗方法，切不可自行用药，以免延误病情。
总之，治疗扁平疣要综合考虑多种因素，选择恰当的方法。