灰指甲治疗常用的药物有外用和口服两类。口服药中常用的有伊曲康唑，它是一种合成的三氮唑衍生物，可抑制真菌细胞膜麦角甾醇的合成，从而发挥抗真菌作用。一般采用冲击疗法，吃一周停三周为一个疗程，通常需要2 - 3个疗程。
外用药物选择
阿莫罗芬搽剂： 它是局部外用抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜上麦角固醇的合成来发挥作用。每周使用1 - 2次，连续使用几个月，能有效抑制甲板内真菌生长。不过，对于比较严重的灰指甲，单独使用搽剂效果可能稍慢。环吡酮胺乳膏： 能改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌细胞代谢过程。可直接涂抹在病甲周围皮肤上，每天使用1 - 2次，坚持使用对轻度灰指甲有一定效果，但对于增厚严重的病甲，渗透效果有限。
口服药物特点
特比萘芬： 也是一种烯丙胺类抗真菌药物，能选择性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜合成过程中的重要环节。一般每天服用一次，连续服用几个月，对皮肤癣菌引起的灰指甲疗效较好，但肝功能不全者需要谨慎使用。伊曲康唑的冲击疗法： 除了前面提到的冲击疗程，它对真菌的抑制作用持续时间较长，能较好地穿透甲板到达病甲部位发挥作用，但用药期间需要定期监测肝功能。
治疗中的注意事项
指甲生长周期： 指甲生长比较慢，手指甲完全更换一次需要约3 - 6个月，脚趾甲则更久，大约需要9 - 12个月。所以治疗灰指甲需要有耐心，要按照疗程坚持用药，不能看到稍有好转就停药，否则容易复发。个人卫生管理： 平时要保持手足清洁干燥，勤换鞋袜，不与他人共用拖鞋、脚盆等生活用品，避免交叉感染。比如，在公共浴室、游泳池等场所要注意防护，防止再次感染真菌。与其他疾病的关联： 如果本身有糖尿病等基础疾病，会影响灰指甲的治疗效果，因为糖尿病患者免疫力相对较低，真菌感染不容易控制。所以这类患者在治疗灰指甲的同时，要积极控制基础疾病。