男生治疗扁平疣可以通过药物治疗、物理治疗等方法。一般来说，治疗扁平疣的方法有多种，其中药物治疗是常见的方式之一。
药物治疗
外用药物： 常用的有维A酸类药物，如维A酸乳膏等，它可以调节细胞分化，起到一定的治疗作用。还有一些具有抗病毒作用的药物，像干扰素凝胶，能抑制病毒复制。口服药物： 对于病情较为严重的男生，可能会用到免疫调节剂，比如转移因子口服溶液等，它可以增强机体的免疫功能，帮助对抗病毒。
物理治疗
冷冻治疗： 这是比较常用的物理方法，医生会用低温的液氮使扁平疣部位的组织坏死脱落。一般经过1 - 2次冷冻治疗，部分患者的扁平疣可消退，但可能会有局部红肿、疼痛等反应，不过大多能逐渐恢复。激光治疗： 利用激光的高能量击碎扁平疣的组织，从而达到去除的目的。激光治疗相对来说恢复时间可能较短，但术后要注意保持局部清洁，避免感染。
日常注意事项
避免搔抓： 扁平疣具有传染性，搔抓可能会导致疣体自身接种，使皮疹增多。男生要尽量克制自己，不要用手去抓挠患处。注意个人卫生： 要保持皮肤清洁，勤换衣物，不与他人共用毛巾、脸盆等个人物品，防止交叉感染。同时，要保证充足的睡眠，合理饮食，增强自身免疫力，这有助于病情的恢复。