男生扁平疣的治疗方法主要包括以下几种：
1.外用药物治疗：可使用维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等药物涂抹疣体，有助于减轻症状。
2.物理治疗：包括冷冻、激光、电灼等方法，可直接去除疣体。
3.系统治疗：对于疣体较多或病情顽固的患者，可口服抗病毒药物，如干扰素、利巴韦林等，以抑制病毒复制。
4.免疫调节剂：可调节机体免疫功能，有助于提高治疗效果，常用的有胸腺肽、转移因子等。
5.中医治疗：中医认为扁平疣是由气血失和、腠理不密所致，可采用中药调理、针灸等方法进行治疗。
需要注意的是，扁平疣具有传染性，治疗期间应避免搔抓疣体，以免扩散。同时，要保持皮肤清洁，避免感染。如果扁平疣症状严重或治疗效果不佳，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。此外，一些特殊人群，如免疫功能低下者、孕妇等，治疗扁平疣时需要更加谨慎，应在医生的建议下选择合适的治疗方法。