深海恐惧症可以通过多种方式来克服，比如通过渐进式暴露疗法，先从观看深海图片、视频开始，逐渐适应，这个过程可能需要数周甚至数月的时间来逐步增加对深海场景的接触程度。
心理治疗方法
认知行为疗法： 通过改变患者对深海的错误认知来克服恐惧。比如帮助患者分析自己对深海产生恐惧的不合理观念，像过度夸大深海中潜在的危险等。医生会引导患者认识到这些观念是没有充分依据的，从而逐步调整心态。系统脱敏法： 将患者对深海的恐惧程度划分等级，从最轻微的接触深海相关的温和刺激开始，比如先想象自己在靠近海岸的浅海区域，然后逐渐过渡到想象自己在较深的海域，再到观看模拟深海环境的影像，随着患者逐渐适应，再慢慢接触更真实的深海相关情境，这个过程可能需要反复练习，可能持续数周到数月不等。
借助辅助工具缓解
虚拟现实技术： 利用虚拟现实设备营造出虚拟的深海环境，让患者在安全的情况下逐步体验深海场景。通过不断地在虚拟深海中进行适应训练，一般每次训练可以持续15 - 30分钟，经过多次训练后，患者对深海的恐惧会逐渐减轻。放松训练： 当患者感到对深海产生恐惧情绪时，可以采用深呼吸放松法，慢慢地吸气，让空气充满腹部，然后再慢慢地呼气，重复几次，每次深呼吸练习可以持续3 - 5分钟，通过放松身体来缓解因深海引发的紧张恐惧情绪。也可以进行肌肉放松训练，从头到脚依次紧绷和放松各个部位的肌肉，让身体处于放松状态，从而减轻对深海的恐惧反应。
转移注意力方式
专注自身感受： 当处于可能引发深海恐惧的情境时，患者可以专注于自己的身体感受，比如感受自己的心跳、呼吸等，将注意力从对深海的恐惧上转移开。例如在观看深海相关内容时，留意自己的心率变化，当发现心率加快时，通过自我暗示让自己平静下来，告诉自己只是在进行恐惧克服训练，心率的变化是正常的适应过程。参与其他活动分散： 在日常生活中多参与一些自己感兴趣的活动，比如运动、绘画、听音乐等，通过丰富的日常活动来分散对深海的关注度。当患者将精力投入到其他积极有趣的活动中时，对深海的恐惧也会在一定程度上得到缓解，例如每周安排一定时间进行有氧运动，如跑步、游泳等，坚持一段时间后，患者的心理状态会更加积极，面对深海相关情境时的恐惧也会减轻。