扁桃体发炎主要是由病原体感染引起的，其中最常见的是A组乙型溶血性链球菌，约占细菌性扁桃体炎的10%~30%。此外，病毒也是引发扁桃体发炎的重要因素，像鼻病毒、腺病毒等引起的病毒性扁桃体炎也较为多见。
病原体感染因素
细菌感染： A组乙型溶血性链球菌是导致扁桃体发炎常见的细菌病原体。这种细菌常存在于人的咽部及扁桃体隐窝内，当人体抵抗力下降时，如受凉、过度劳累等，细菌大量繁殖，就会引发扁桃体发炎。另外，葡萄球菌、肺炎链球菌等细菌也可能引起扁桃体发炎，但相对A组乙型溶血性链球菌来说，发生率稍低一些。病毒感染： 鼻病毒感染是比较常见的引发扁桃体发炎的病毒因素。鼻病毒感染后，会引起上呼吸道炎症反应，进而波及扁桃体。腺病毒也是常见的致病病毒之一，腺病毒感染除了导致扁桃体发炎外，还可能伴有发热、咳嗽等全身症状。
自身抵抗力因素
年龄因素： 儿童时期扁桃体是免疫器官，相对较活跃，所以儿童更容易发生扁桃体发炎。比如3~10岁的儿童，由于自身免疫系统还在发育阶段，抵抗力相对较弱，扁桃体发炎的发生率比成年人要高。而老年人随着年龄增长，身体各项机能衰退，抵抗力也会下降，同样容易受到病原体侵袭引发扁桃体发炎。过度劳累： 长期过度劳累会使人体的免疫力降低。当人长时间加班、熬夜或者进行高强度体力劳动后，身体处于疲惫状态，此时细菌和病毒就容易趁机侵入扁桃体，导致发炎。一般来说，连续熬夜2天以上，人体免疫力会明显下降，就增加了扁桃体发炎的风险。
环境因素影响
空气污染： 长期处于空气污染严重的环境中，空气中的有害颗粒、化学物质等会刺激扁桃体黏膜。例如在工业污染严重的地区，空气中的二氧化硫、PM2.5等污染物含量较高，长期吸入这些污染物会损伤扁桃体的防御功能，使扁桃体容易受到病原体感染而发炎。一般在PM2.5浓度超过75μg/m³的环境中暴露3天以上，就可能对扁桃体产生不良影响。季节变化： 季节更替时，气温变化较大，人体难以快速适应。比如秋冬季节气温骤降，人体的血管收缩，扁桃体的血液循环不畅，局部抵抗力下降，容易引发发炎。据统计，秋冬季节扁桃体发炎的发生率比春夏季节高出约20%。