扁桃体发炎主要是由病原微生物感染引起，其中A组乙型溶血性链球菌是较为常见的致病菌，约10%-30%的扁桃体炎由其引发。
感染因素导致
细菌感染： 最常见的是A组乙型溶血性链球菌，此外，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可引发扁桃体发炎。这些细菌通常存在于人的口腔和咽部，当人体抵抗力下降时，如过度疲劳、受寒等，细菌就会大量繁殖，侵入扁桃体引发炎症。例如，在学校、军营等人群密集场所，扁桃体炎的发病率相对较高，就是因为人群密集导致细菌传播容易，且集体生活中人们的抵抗力可能因各种因素下降。病毒感染： 病毒也是引起扁桃体发炎的重要原因，如腺病毒、鼻病毒、单纯疱疹病毒等。其中，腺病毒引起的扁桃体炎有时会导致扁桃体出现灰白色的膜样物。病毒感染往往具有一定的季节性，像在秋冬季节，鼻病毒、腺病毒活跃，容易引发扁桃体发炎。而且病毒感染引起的扁桃体炎一般具有自限性，但也可能继发细菌感染，加重病情。
免疫力因素影响
自身免疫力低下： 当人体自身免疫力较弱时，比如长期营养不良、过度劳累、缺乏运动等情况，身体抵御病原微生物的能力下降，就更容易受到细菌或病毒的侵袭，从而引发扁桃体发炎。例如，一些长期从事高强度体力劳动且饮食不均衡的人，患扁桃体炎的几率比一般人要高。儿童免疫力特点： 儿童的免疫系统尚未完全发育成熟，相对成人更容易发生扁桃体发炎。而且儿童在生活中接触外界病原微生物的机会较多，如在幼儿园、学校等场所，与其他小朋友密切接触，增加了感染的风险。同时，儿童的扁桃体相对较大，在感染时更容易出现肿大、发炎的情况。比如3-10岁的儿童是扁桃体炎的高发年龄段，这与他们的生理特点和生活环境密切相关。
其他因素诱发
邻近器官炎症蔓延： 当邻近器官发生炎症时，可能会蔓延至扁桃体引发发炎。比如咽炎、鼻炎等疾病，如果没有得到及时有效的治疗，炎症可能会波及扁桃体。例如，患有慢性鼻炎的患者，由于鼻腔分泌物倒流刺激扁桃体，容易导致扁桃体反复发炎。不良生活习惯： 长期吸烟、酗酒会损害呼吸道黏膜，降低呼吸道的防御功能，容易诱发扁桃体发炎。另外，过度用嗓也可能对扁桃体造成一定的损伤，使扁桃体更容易受到病原微生物的侵袭。比如一些歌手、教师等长期用嗓过度的人群，患扁桃体炎的概率相对较高。