肾结石形成的原因较为复杂，主要与代谢异常、局部因素以及药物等有关。一般来说，人体尿液中一些物质浓度过高，析出结晶就可能形成肾结石，比如尿液中钙、草酸、尿酸等浓度升高。
代谢异常相关因素
尿液成分异常：当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增加时，就容易形成肾结石。例如，正常饮食情况下，尿液中钙的排泄量如果长期处于较高水平，超过了尿液的溶解能力，钙就可能结晶析出，逐渐形成肾结石。据统计，约有80%的肾结石患者与尿液成分异常有关。肠道疾病影响：一些肠道疾病会影响身体对钙的吸收，进而影响尿液中钙的浓度。比如患回肠造口术、短肠综合征等肠道疾病时，肠道对钙的吸收减少，导致血钙降低，甲状旁腺激素分泌增多，从而使尿钙排出增加，增加肾结石形成风险。
局部因素相关情况
尿路梗阻：尿路梗阻会导致尿液引流不畅，使尿液中的晶体物质容易在局部沉积，进而形成肾结石。像先天性肾盂输尿管连接部狭窄、输尿管狭窄等情况，都可能引起尿路梗阻。例如，先天性肾盂输尿管连接部狭窄的患儿，由于尿液排出受阻，肾脏内尿液积聚，晶体物质易沉积形成肾结石。感染因素：尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使晶体附着沉积，增加肾结石形成几率。比如变形杆菌感染时，细菌产生的尿素酶可分解尿液中的尿素，使尿液碱化，促使磷酸镁铵及磷酸钙沉积形成结石。
药物相关因素
某些药物导致：一些药物服用后可能会增加肾结石形成风险。比如氨苯蝶啶，长期服用可能导致肾结石；还有维生素D、皮质激素等药物，也可能通过影响钙的代谢等途径，增加肾结石发生的可能性。另外，使用磺胺类药物，其代谢产物容易在尿液中形成结晶，从而引发肾结石。