肾结石形成的原因较多，其中尿液中某些物质浓度过高是关键因素。比如尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等成分含量过高，超过了尿液的溶解度，就容易析出形成结晶，进而发展为肾结石。一般来说，约90%的肾结石含有钙，其中以草酸钙结石最为常见。
代谢异常导致
尿液成分异常： 当尿液中钙、草酸、尿酸等物质排泄量增加时，就容易形成结石。例如，尿钙排泄增多会使尿液中钙的浓度升高，增加钙盐结晶析出的风险；草酸摄入过多，如长期大量食用菠菜、甜菜等富含草酸的食物，会导致尿草酸排出增加，容易形成草酸钙结石。尿酸代谢紊乱： 体内尿酸生成过多或尿酸排泄减少，会使血尿酸浓度升高，尿液中尿酸排泄增加，当尿酸饱和度超过一定限度时，就会形成尿酸结石。痛风患者由于尿酸代谢异常，更容易并发尿酸结石。
局部因素影响
尿路梗阻： 尿路任何部位的梗阻都会导致尿液排出受阻，使尿液在局部积聚，进而造成尿液中晶体物质沉淀，形成结石。比如肾盂输尿管连接处狭窄、输尿管结石等都会引起尿路梗阻，增加肾结石的发生风险。而且梗阻还会导致感染，感染又会促进结石的形成，形成恶性循环。尿路感染： 尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使晶体附着沉积，从而形成结石。例如，变形杆菌等细菌能分解尿素产生氨，使尿液碱化，进而促进磷酸镁铵及磷酸钙结石的形成。
生活方式相关因素
饮水不足： 每天饮水量过少会使尿液浓缩，导致尿液中各种晶体物质的浓度升高，容易析出形成结石。建议肾结石患者每天饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，以稀释尿液，减少结石形成的机会。饮食不均衡： 除了草酸摄入过多外，高糖饮食、高动物蛋白饮食等也可能增加肾结石的发生风险。高糖饮食会促进肠道吸收钙，同时使尿钙排泄增加；高动物蛋白饮食会使尿中尿酸、钙、磷排出增加，降低尿枸橼酸盐排泄，从而增加肾结石形成的可能性。缺乏运动： 长期缺乏运动，会使尿液中的晶体物质更容易在肾脏局部沉积，增加肾结石的发病几率。适当运动可以促进身体的新陈代谢，有助于防止结石形成。