肝囊肿的成因较为复杂，其中先天性因素较为常见，约90%的肝囊肿是先天性的，由胚胎时期胆管发育异常所致。
先天性发育异常因素：
胆管发育障碍： 在胚胎发育过程中，胆管如果出现局部节段性扩张，就可能逐渐形成囊肿。这种发育上的异常是与生俱来的，从胚胎时期就埋下了隐患。遗传因素影响： 部分肝囊肿具有一定的遗传倾向，如果家族中有肝囊肿患者，那么亲属患肝囊肿的风险可能会相对增高。不过遗传并不是绝对会发病，只是增加了患病的可能性。
后天性因素相关：
炎症损伤： 肝脏受到一些慢性炎症的长期刺激，比如胆管炎等，可能会导致胆管壁发生改变，进而形成囊肿。长期的炎症环境会影响胆管的正常结构和功能，使得局部组织出现囊性改变。寄生虫感染： 比如肝包虫病，是由于感染了细粒棘球绦虫的幼虫，幼虫在肝脏内寄生生长，逐渐形成囊肿。在一些畜牧地区，这种因寄生虫感染引起肝囊肿的情况相对较多见。当人体摄入了含有棘球绦虫卵的食物，虫卵在体内孵化后，幼虫会迁移到肝脏并发育成囊肿。
其他少见因素：
创伤因素： 肝脏受到外力创伤后，局部组织出现血肿，随着时间推移，血肿可能发生机化、液化等改变，也有可能形成囊肿。不过这种因创伤导致的肝囊肿相对比较少见，一般是在有明确肝脏创伤史的基础上才会出现。退行性改变： 随着年龄的增长，肝脏组织可能会出现退行性变化，比如一些老年人群体，肝脏的某些细胞或者结构发生退变，也可能引发肝囊肿。但这种退行性改变导致的肝囊肿通常进展较为缓慢，在早期可能没有明显症状。