肝囊肿的形成原因较多，其中先天性因素较为常见，约90%的肝囊肿是先天发育异常导致的，比如在胚胎时期胆管发育异常，就可能形成潴留性囊肿。另外，寄生虫感染也可能引发肝囊肿，像肝包虫病，是人感染棘球绦虫的幼虫后，幼虫在肝脏内生长形成囊肿。还有创伤因素，肝脏受到外力撞击等创伤后，局部血肿或组织坏死液化，也有可能逐渐形成囊肿。
先天性发育异常导致
胚胎时期胆管发育异常： 在胚胎发育的早期，胆管系统的发育出现异常，使得胆管的某个部分形成了封闭的腔隙，液体不断积聚其中，就逐渐形成了囊肿。这种情况从胚胎时期就开始埋下隐患，而且一旦形成，在儿童时期可能就已经存在，但很多人可能没有症状，直到成年后通过体检才被发现。遗传因素相关： 部分肝囊肿具有一定的遗传倾向，如果家族中有亲属患有肝囊肿，那么后代患肝囊肿的概率可能会相对高一些。不过遗传并不是绝对会发病，只是增加了患病的可能性。
寄生虫感染引发
肝包虫病的感染过程： 人接触到含有棘球绦虫虫卵的食物或水源后，虫卵进入人体，在肠道内孵化出幼虫，幼虫通过血液循环到达肝脏，然后在肝脏内逐渐生长发育，形成囊肿。这种情况在畜牧地区相对更为常见，因为当地人群接触到寄生虫的机会更多。比如在一些牧区，人们接触到受感染动物的几率较高，如果没有做好防护措施，就容易感染棘球绦虫引发肝囊肿。寄生虫感染的危害： 寄生虫在肝脏内形成的囊肿会不断增大，压迫周围的肝脏组织，影响肝脏的正常功能，还可能引起一系列的症状，如腹痛、发热等，如果不及时治疗，病情可能会逐渐加重。
创伤因素形成
肝脏创伤后的变化： 当肝脏受到外力撞击、车祸伤等创伤后，肝脏内部的血管破裂出血，形成血肿，或者局部组织发生坏死液化。在后续的修复过程中，周围的组织增生包裹，就有可能形成囊肿。例如，腹部受到严重撞击的患者，在经过治疗后，有可能在肝脏部位形成创伤性肝囊肿。创伤后囊肿的特点： 创伤性肝囊肿的大小和位置与创伤的程度和部位有关，有些较小的创伤性肝囊肿可能没有明显症状，但较大的囊肿可能会引起右上腹的不适等症状。而且创伤后形成囊肿需要一定的时间，可能在创伤后的几周甚至数月才逐渐显现出来。