肛窦炎的治疗方式需根据病情来定，一般可通过药物治疗、手术治疗等方法改善。比如轻度肛窦炎可以先尝试药物保守治疗。
药物治疗方面
局部药物坐浴： 常用的有1:5000高锰酸钾溶液坐浴，每天可进行1 - 2次，每次坐浴时间约15 - 20分钟，能起到清洁、消炎的作用。还可以使用中药坐浴方剂，如苦参汤等，有清热燥湿、消肿止痛的功效。栓剂药物： 可以使用肛泰栓、痔疮栓等栓剂，将其塞入肛门内，药物直接作用于肛窦部位，起到抗炎、消肿的作用。
手术治疗情况
肛窦切开术： 如果肛窦炎病情较为严重，形成了肛窦内口、瘘管等情况时，可能需要进行肛窦切开术。一般适用于经保守治疗无效，且肛窦内有隐窝脓肿形成或伴有肛乳头肥大的患者。手术时会切开肛窦，引流脓液，促进炎症消退。肛窦切除术： 对于反复发作的肛窦炎，且病变范围较大的患者，可考虑肛窦切除术。手术会将病变的肛窦组织切除，以达到根治的目的，但术后需要注意伤口的护理，避免感染。
日常护理要点
饮食调整： 要避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒、生姜等，这些食物容易刺激肛门局部，加重炎症。多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜（芹菜、菠菜等）、水果（香蕉、苹果等），保持大便通畅，减少粪便对肛窦的刺激。一般建议每天摄入膳食纤维25 - 30克左右。保持肛门清洁： 要注意保持肛门局部的清洁卫生，每次排便后可用温水清洗肛门，避免粪便残留刺激肛窦。可以使用柔软的卫生纸，擦拭时要轻柔，防止损伤肛门局部皮肤。