肛窦炎的治疗方法需根据病情轻重等因素来定。一般来说，轻度肛窦炎可通过保守治疗缓解，中重度可能需要手术等方式。
保守治疗方式
局部坐浴： 可以用温水或1:5000高锰酸钾溶液坐浴，每天1 - 2次，每次15 - 20分钟，能清洁肛门局部，促进炎症消退。药物治疗： 可局部使用痔疮栓等药物，比如太宁栓，它能起到消炎、消肿的作用；也可以口服一些消炎药物，如阿莫西林等（不过要在不过敏的情况下使用），但需遵医嘱。
手术治疗情况
肛窦切开术： 如果肛窦炎反复发作，形成脓肿等情况，可能需要进行肛窦切开术。手术一般在局部麻醉下进行，将发炎的肛窦切开，引流出脓液，促进愈合。肛窦切除术： 对于病情较严重，肛窦病变范围较大的患者，可能会考虑肛窦切除术，把病变的肛窦组织切除掉。
日常注意事项
饮食方面： 要避免吃辛辣、刺激性食物，像辣椒、花椒等，这些食物会刺激肛门局部，加重炎症。多吃蔬菜水果，保持大便通畅，每天应保证摄入足够的膳食纤维，例如每天可以吃200 - 300克的蔬菜和200克左右的水果。生活习惯： 要养成良好的排便习惯，每天定时排便，排便时间不宜过长，最好控制在5分钟以内。不要久站久坐，要适当进行活动，促进血液循环。同时，要注意肛门局部的清洁卫生，便后要用温水清洗肛门。