男生尿尿疼的原因主要包括以下几种：一是尿道感染，常见于尿道炎及前列腺炎；二是泌尿系统结石；三是膀胱结核。
一、尿道感染：
1.尿道炎：主要症状有尿频、尿痛、尿急和血尿等。急性发作时尿道口发红，晨起时症状加重，排尿多次后症状可减轻甚至消失，尿道口多伴有透明黏液样分泌物。
2.前列腺炎：临床表现为前列腺炎症候群。盆骶疼痛表现为疼痛一般位于耻骨上、腰骶部及会阴部，放射痛可表现为尿道、精索、睾丸、腹股沟、腹内侧部疼痛；排尿异常表现为尿频、尿急、尿痛、排尿不畅、尿线分叉、尿后沥滴、夜尿次数增多；偶尔并发性功能障碍，包括性欲减退、早泄、射精痛、勃起减弱及阳痿。
二、泌尿系统结石：早期可能无疼痛症状，但随着结石逐渐增大或继发性结石增多，排入尿道时易嵌入尿道内，会出现剧烈疼痛，常放射至阴茎头部。还可出现排尿困难、尿线变细或分差，严重时会出现尿潴留，引起急迫性尿失禁，也可能出现脓尿或血尿。
三、膀胱结核：属于泌尿系结核一部分。多数膀胱结核来源于肾结核，早期病变可能在肾脏，早期往往无任何临床症状。随着病情发展，膀胱刺激征较为明显，表现为尿频、尿急、尿痛。
总之，男生出现尿尿疼的情况可能是由多种原因引起的，应及时就医进行准确诊断和针对性治疗。