隐匿性肾炎的发病原因目前尚未完全明确，可能与多种因素有关。一般认为，部分隐匿性肾炎是由免疫因素介导的，比如体内存在异常的免疫复合物沉积在肾脏组织，引发炎症反应，但还没有确切的数据表明具体的发生概率。
感染因素相关
细菌感染： 某些细菌感染可能是诱因之一。例如，链球菌感染后有可能引发肾脏的免疫反应，虽然不是所有链球菌感染都会导致隐匿性肾炎，但有研究发现，在链球菌感染后的一段时间内，部分人会出现肾脏相关的异常改变，进而发展为隐匿性肾炎。不过具体的关联程度还需要进一步的临床观察和研究来精准界定。病毒感染： 一些病毒感染也可能涉及其中。比如乙肝病毒，有部分乙肝患者在病情发展过程中会出现肾脏受累的情况，表现为隐匿性肾炎的形式。但不是所有乙肝患者都会出现这种情况，只是有一定的发生概率，具体机制可能与病毒抗原抗体复合物在肾脏沉积有关。
自身免疫紊乱相关
自身抗体产生： 人体自身免疫系统出现紊乱时，可能会产生针对肾脏组织的自身抗体。这些自身抗体与肾脏组织中的相应抗原结合，形成免疫复合物，沉积在肾小球等肾脏结构中，引发炎症，从而导致隐匿性肾炎的发生。目前对于自身抗体产生的具体触发因素还不是完全清晰，但自身免疫紊乱在隐匿性肾炎发病中是一个重要的环节。免疫调节异常： 免疫系统的调节失衡也可能导致隐匿性肾炎。正常情况下，免疫系统能够精准地识别自身和非自身物质，进行有效的免疫防御和自稳。但当免疫调节异常时，就可能错误地攻击肾脏组织，引发炎症反应，进而出现隐匿性肾炎的病理改变。比如一些自身免疫性疾病相关的免疫调节异常，可能会波及肾脏，导致隐匿性肾炎的发生。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 部分隐匿性肾炎可能具有一定的遗传易感性。如果家族中有亲属患有隐匿性肾炎，那么其他家族成员患该病的风险可能会相对增高。不过遗传因素并不是单一决定性的因素，还需要结合环境等其他因素才会最终导致疾病的发生。目前对于具体的遗传基因位点等还在进一步的研究探索中，但可以确定遗传因素在其发病中起到了一定的作用。