隐匿性肾炎的发病原因目前尚不十分明确，可能与多种因素有关。一般认为，部分隐匿性肾炎是由上呼吸道感染等链球菌感染后引起的免疫反应所致，约有10% - 20%的患者在感染链球菌后可能出现隐匿性肾炎相关表现。
感染因素相关
细菌感染方面： 最常见的是链球菌感染，比如扁桃体炎、咽炎等链球菌感染后，机体产生免疫反应，抗原抗体复合物沉积在肾脏，可能引发隐匿性肾炎。这种感染引发的隐匿性肾炎，通常在感染后1 - 3周左右可能出现尿液异常等表现。病毒感染方面： 某些病毒感染也可能与之相关，像乙肝病毒感染，有研究发现部分乙肝病毒相关性肾炎会以隐匿性肾炎的形式表现，患者可能仅有蛋白尿、血尿等轻微表现，而无明显的肾炎其他严重症状。
自身免疫因素相关
自身免疫紊乱： 自身免疫系统出现异常时，身体的免疫系统可能错误地攻击自身肾脏组织。例如，机体的免疫复合物清除机制出现问题，导致免疫复合物在肾脏基底膜等部位沉积，长期积累可能引发隐匿性肾炎。这种自身免疫紊乱导致的隐匿性肾炎，往往病情相对迁延，需要长期关注肾脏情况。遗传易感性： 有一定的遗传倾向，部分人群由于遗传因素，肾脏对于一些致病因素的易感性增加。如果家族中有隐匿性肾炎患者，其他家族成员患隐匿性肾炎的风险可能相对较高，但具体的遗传机制还在进一步研究中。
其他潜在因素相关
环境因素影响： 长期处于一些特殊环境中也可能有影响，比如长期接触某些化学物质，像重金属等，可能对肾脏造成一定损伤，增加患隐匿性肾炎的风险。不过这种情况相对较少见，但也是潜在的可能因素之一。药物因素相关： 某些药物的不合理使用也可能诱发隐匿性肾炎，虽然比较少见，但有个别报道显示，长期服用某些具有肾毒性的药物，可能逐渐损害肾脏，引发隐匿性肾炎相关表现。不过一般正规使用药物时，这种风险可以通过合理用药来规避。