一、子宫复旧不良
自然流产后，子宫需要一段时间来恢复到未孕状态。若子宫复旧不良，子宫收缩可能会引起腰疼。子宫收缩时，相关的韧带等组织受到牵拉，就可能导致腰部出现酸痛等不适症状。一般发生在流产后的一段时间内，尤其常见于流产后子宫恢复较慢的女性群体。
二、盆腔感染
自然流产后，如果发生盆腔感染，炎症刺激会引起腰疼。盆腔内的炎症可能蔓延累及周围组织，包括腰部的相关组织，导致腰部出现疼痛，同时可能伴有发热、阴道分泌物异常等表现。多见于流产后不注意个人卫生、过早性生活等情况的女性。
三、腰部肌肉劳损
流产后女性需要一段时间的休息，但部分女性可能因为长时间卧床姿势不当，或者过早进行重体力活动等，导致腰部肌肉劳损，引起腰疼。比如长期卧床时腰部肌肉处于紧张状态，或者起床活动后腰部肌肉过度劳累，都可能引发劳损性腰疼。不同年龄、生活方式的女性都可能发生，若流产后活动恢复不科学则更易出现。
四、腰椎本身问题
既往有腰椎间盘突出症等腰椎疾病的女性，自然流产后可能诱发或加重腰疼。流产后身体的激素变化、休息与活动的改变等因素可能影响腰椎的状态，使得原本的腰椎问题显现或加重。有腰椎病史的女性在自然流产后更需关注腰部情况。
五、神经损伤相关
自然流产过程中，若有特殊情况可能导致腰部神经受到影响，比如手术操作等原因（若有相关手术史），引起神经损伤进而出现腰疼。这种情况相对少见，但一旦发生需重视。