扁平疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的一种良性赘生物，治疗方法有多种。一般来说，可通过药物治疗、物理治疗等方式来处理，其中药物治疗常用的有维A酸类药物等。
药物治疗常见类型
维A酸类药物： 像维A酸乳膏就可以使用，它能调节表皮细胞的分化，对扁平疣有一定的治疗作用，但使用时要注意可能会有局部刺激反应，比如轻度的红斑、脱屑等。干扰素： 可以通过干扰病毒的复制过程来发挥作用，常用的有干扰素凝胶等，不过使用后可能会出现局部的瘙痒、灼痛等不适。
物理治疗方式
冷冻治疗： 是利用低温使疣体坏死脱落。一般冷冻后局部会出现水疱，然后逐渐结痂脱落，通常需要多次治疗才能完全去除疣体，而且治疗后要注意保持局部清洁，避免感染。激光治疗： 利用激光的能量烧灼疣体，使其碳化脱落。激光治疗相对来说速度较快，但术后要注意创面的护理，防止感染，可能会留下轻微的色素沉着等情况。
自身免疫调节相关
提高免疫力： 因为人体免疫力下降时容易感染HPV引发扁平疣，所以可以通过适当运动来提高免疫力，比如每周进行3 - 5次中等强度的运动，每次30分钟左右，像快走、慢跑等。同时要保证充足的睡眠，每天尽量保证7 - 8小时的睡眠时间，让身体处于良好的状态来对抗病毒。另外，饮食上也要注意营养均衡，多摄入富含维生素和蛋白质的食物，如新鲜的蔬菜、水果、瘦肉、鱼类等，为身体提供足够的营养来维持免疫力。