小孩子反复发烧39度通常有以下这些原因：
一、上呼吸道感染。小孩子患上呼吸道感染后可能引发急性喉炎或急性化脓性扁桃体炎。这时往往会伴有咽喉疼痛，同时还会导致发烧，如果炎症没能及时得到控制，就容易出现反复发烧到39度的状况。治疗上应遵医嘱使用药物，比如磷酸奥司他韦胶囊，其对流感病毒引发的上呼吸道感染有较好效果；头孢呋辛酯片可用于敏感菌导致的感染。
二、支气管肺炎。小孩子患支气管肺炎时通常会有高烧症状，并且还会出现咳嗽、咳痰等表现。针对这种情况，可遵医嘱服用头孢曲松钠、苯唑西林钠等药物进行治疗。
当小孩子反复发烧39度时必须及时就医，以便明确发烧的具体原因并进行针对性治疗。除了药物治疗外，还可以采用物理降温法，例如用温水擦拭小孩子的腋下、脖子、四肢等部位，能起到帮助小孩子降温的作用。
总结：小孩子反复发烧39度的原因主要有上呼吸道感染和支气管肺炎等，要及时就医确定原因并治疗，同时可配合物理降温。治疗药物有多种，需遵医嘱使用。