慢性腹泻是指病程在两个月以上的腹泻或间歇期在2~4周内的复发性腹泻，其原因较多。比如肠道感染性疾病，像细菌感染引起的慢性肠炎，某些细菌持续在肠道内繁殖，会不断刺激肠道黏膜，导致肠道功能紊乱，引发慢性腹泻，这类情况在一些卫生条件较差的地区相对多见。
肠道疾病相关原因
炎症性肠病： 包括溃疡性结肠炎和克罗恩病。溃疡性结肠炎主要是结肠黏膜的慢性炎症，患者会出现反复发作的腹泻，常伴有黏液脓血便，病情迁延不愈。克罗恩病可累及肠道全层，病变呈节段性分布，也会导致慢性腹泻，还可能伴有腹痛、体重下降等症状。肠易激综合征： 这是一种常见的功能性肠病。精神因素如焦虑、紧张等可能诱发，患者会出现腹泻与便秘交替的情况，腹泻多在排便前出现，粪便多为糊状，一般无脓血。
肝胆胰疾病相关原因
慢性肝炎： 当肝脏功能长期受到影响时，会影响消化液的分泌和代谢，进而影响肠道的消化吸收功能，导致慢性腹泻。例如慢性乙型肝炎患者，病情控制不佳时，可能出现消化功能紊乱引发腹泻。慢性胰腺炎： 胰腺是分泌消化酶的重要器官，慢性胰腺炎会导致胰腺分泌的胰酶不足，影响食物中脂肪、蛋白质等的消化吸收，从而引起慢性腹泻，粪便往往呈灰白色、油腻状。
全身性疾病相关原因
甲状腺功能亢进： 甲状腺激素分泌过多会加快机体的新陈代谢，包括肠道的蠕动也会加快，导致排便次数增多，出现慢性腹泻。患者还常伴有多汗、心慌、消瘦等症状。糖尿病： 糖尿病性腹泻较为常见，可能与自主神经病变有关。自主神经受损后，肠道的正常蠕动和消化液分泌受到影响，引起腹泻，这种腹泻一般没有明显的腹痛。