怀孕初期孕酮低可能由多种原因造成。一般来说，黄体功能不全是常见原因之一，女性卵巢中的黄体分泌孕酮，如果黄体功能不好，就会导致孕酮分泌不足。另外，胚胎发育异常也可能引起孕早期孕酮低，比如胚胎染色体异常等情况，会影响激素的正常分泌。还有内分泌系统疾病也可能相关，像甲状腺功能减退等疾病，会干扰激素的平衡，进而影响孕酮水平。
黄体功能方面的情况
卵巢自身因素： 女性卵巢的黄体发育不全是导致孕酮低的常见原因。正常情况下，黄体能够分泌足够的孕酮来维持早期妊娠，如果黄体本身发育欠佳，就无法产生足够的孕酮。比如一些女性先天性的黄体功能缺陷，就容易出现孕早期孕酮低的状况。激素调节问题： 体内的促黄体生成素等激素水平异常也会影响黄体功能，从而导致孕酮分泌不足。如果这些调节激素出现紊乱，就可能使得黄体分泌孕酮的功能受到影响，进而引起孕初期孕酮低。
胚胎发育相关因素
染色体异常： 当胚胎发生染色体异常时，会影响胚胎的正常发育，也会影响到孕酮的分泌。据统计，约有50% - 60%的自然流产是因为胚胎染色体异常导致的，而在这些异常的胚胎中，往往伴随着孕酮水平偏低的情况。胚胎着床异常： 如果胚胎着床不稳定，也可能影响孕酮的分泌。胚胎着床是一个复杂的过程，受到多种因素影响，一旦着床出现问题，就可能导致孕酮分泌异常，出现孕初期孕酮低的现象。
内分泌系统影响
甲状腺功能减退： 甲状腺功能减退会影响身体的内分泌平衡，甲状腺激素分泌不足会干扰到孕酮的合成与分泌。有甲状腺疾病史的女性在怀孕初期更要关注孕酮水平，因为这类疾病可能增加孕酮低的风险。其他内分泌疾病： 像肾上腺疾病等内分泌方面的问题，也可能间接影响到孕酮的分泌，导致孕初期孕酮水平降低。例如肾上腺皮质功能异常，会影响到相关激素的分泌，进而波及孕酮的产生。