孕酮太低可能由多种原因引起。一般来说，女性体内孕酮主要由卵巢黄体分泌，若黄体功能不全，就可能导致孕酮水平降低，比如有研究发现约30% - 40%孕酮低的情况与黄体功能不足有关。
内分泌系统因素
卵巢因素：卵巢本身的功能异常会影响孕酮分泌。例如多囊卵巢综合征患者，其卵巢存在排卵障碍等问题，会使得卵巢黄体形成不良，进而导致孕酮分泌不足。这类患者往往还伴有月经不调等症状。垂体因素：垂体分泌的促性腺激素等异常也会影响孕酮水平。垂体功能减退时，会使促性腺激素分泌减少，从而影响卵巢功能，导致孕酮合成减少。
胚胎相关因素
胚胎质量不佳：如果胚胎本身发育异常，比如染色体异常等情况，会影响黄体的正常功能，使得黄体分泌孕酮的能力下降。据统计，在早期妊娠出现孕酮低的情况中，约有50% - 60%与胚胎质量不好有关。宫外孕：宫外孕时，胚胎着床在子宫以外的部位，如输卵管等，这种异常的着床位置会影响激素的正常分泌，导致孕酮水平偏低。而且宫外孕还会有腹痛、阴道出血等典型症状。
其他因素
生活方式：长期熬夜、精神压力过大等不良生活方式也可能影响孕酮水平。长期熬夜会打乱人体的内分泌节律，影响激素的正常分泌，精神压力过大则会通过神经内分泌系统影响卵巢功能，进而影响孕酮分泌。疾病影响：一些全身性疾病也可能导致孕酮低。比如甲状腺功能减退症，甲状腺激素分泌异常会干扰下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，从而影响孕酮的合成与分泌。