会厌囊肿的治疗方式主要有保守观察和手术治疗两种。对于较小且无症状的会厌囊肿，可选择保守观察，定期复查喉镜，观察囊肿变化情况。而对于较大、有明显症状（如咽部异物感、吞咽困难、呼吸困难等）的会厌囊肿，通常需要手术治疗。
保守观察情况
无症状小囊肿： 如果会厌囊肿比较小，患者没有任何不适症状，比如没有感到喉咙有异物感、吞咽也不受影响等，这时候可以选择保守观察。医生会建议每隔3 - 6个月复查电子喉镜，观察囊肿是否有增大的情况。只要囊肿没有明显变化，就可以继续观察。儿童特殊情况： 对于儿童的会厌囊肿，若囊肿非常小且没有引起任何不适，也可以先保守观察，但要密切关注儿童的呼吸情况，因为儿童气道相对狭窄，一旦囊肿增大可能会影响呼吸。
手术治疗方式
支撑喉镜下囊肿切除术： 这是比较常用的手术方式。患者需要在全身麻醉下进行手术，医生通过支撑喉镜暴露会厌部位的囊肿，然后将囊肿完整切除。这种手术创伤相对较小，术后恢复较快。一般来说，术后住院时间较短，大概2 - 3天就可以出院。激光辅助囊肿切除术： 利用激光的能量来切除会厌囊肿。激光具有止血效果好、术后创面小等优点。手术过程中能够精确地去除囊肿组织，减少对周围正常组织的损伤。不过，术后需要注意保持口腔清洁，避免感染，一般需要1 - 2周左右创面基本愈合。低温等离子射频消融术： 借助低温等离子技术来处理会厌囊肿。该技术是通过释放等离子能量，使囊肿组织消融。它的优势在于对组织的热损伤小，术后反应相对较轻，恢复时间可能比传统手术稍快一些。术后患者要注意饮食，短期内避免吃辛辣、刺激性食物，防止刺激手术部位。