吃紧急避孕药有一定危害。一般来说，紧急避孕药的失败率约为2% - 4%。
对月经周期的影响
月经紊乱： 紧急避孕药会干扰体内的激素水平，可能导致月经提前或推迟。比如，有些女性服用后，月经可能会比正常周期提前7 - 10天到来，也有的会推迟1 - 2周。经期变化： 还可能出现月经量的改变，有的女性服药后月经量会增多，而有的则会减少。
对身体的其他短期影响
恶心呕吐： 大约有10% - 20%的女性在服用紧急避孕药后会出现恶心呕吐的症状，一般在服药后的1 - 2天内比较明显，不过这种症状通常会自行缓解。头晕乏力： 部分人会感觉头晕、浑身没力气，一般持续1 - 2天，这是因为药物影响了身体的激素平衡和代谢等。
并非长期可靠的避孕方式
不能替代常规避孕： 紧急避孕药不能作为常规的避孕方法，不能频繁使用。因为它的激素含量比常规避孕药高很多，频繁使用会对身体造成更大的不良影响。避孕失败风险： 虽然它能在无保护性生活后起到补救作用，但毕竟不是百分百可靠，一旦避孕失败，可能需要面临进一步的处理，如人工流产等。
特殊人群需谨慎
乳腺疾病患者： 患有乳腺增生、乳腺纤维瘤等乳腺疾病的女性，服用紧急避孕药可能会加重病情，因为药物中的激素可能会刺激乳腺组织。肝肾功能不全者： 肝肾功能不好的人，身体代谢药物的能力下降，服用紧急避孕药后，药物在体内停留的时间可能会延长，加重肝肾的负担，所以这类人群要慎用。