耳根后一阵一阵痛的常见原因包括：急性化脓性中耳炎、急性外耳道炎、腮腺炎、耳后淋巴结炎。
一、急性化脓性中耳炎：这是由细菌感染引发的中耳粘膜化脓性炎症，会导致耳根后阵发性疼痛。当鼓膜穿孔后，还会伴有外耳道有脓性分泌物溢出、耳鸣以及听力下降等症状。其治疗主要是通过口服抗生素以及耳部滴用抗生素来进行。
二、急性外耳道炎：主要表现为外耳道或耳后有压痛感，严重时外耳道可能出现脓性分泌物。治疗时主要采用抗生素软膏涂抹炎症部位，同时配合口服抗生素以消炎。
三、腮腺炎：腮腺发生急性炎症时，会出现耳后以及耳周部的剧烈疼痛，不太严重时可能仅表现为耳根后的阵发性痛感。治疗以口服敏感抗生素消炎为主。
四、耳后淋巴结炎：症状为耳后疼痛，局部皮肤充血、肿胀，可触及数个或单个淋巴结且有明显触痛。可通过口服敏感抗生素进行治疗。
综上所述，当出现耳根后一阵一阵痛时，要考虑可能是这些原因导致的，应及时就医明确诊断，并采取相应的治疗措施。