酸奶在两餐之间喝更好，此时饮用酸奶可以更好地发挥其营养价值和保健作用。
一般来说，饭后30分钟到2个小时之间饮用酸奶效果最佳。此时，人的胃液被稀释，pH值会上升到3~5，有利于酸奶中活性乳酸菌的生长和定植，能促进营养物质的吸收。此外，晚上喝酸奶时，尽量在睡前1~2小时，因为从补钙的角度来看，由于夜间人体不再摄入含钙食物，然而钙的代谢却仍在睡眠中悄然进行，因此，睡前1~2小时饮用酸奶，可补充人体夜间对钙的需求。
需要注意的是，酸奶不能空腹喝，因为空腹时胃内的胃酸较多，乳酸菌易被胃酸杀死，保健作用会减弱。此外，酸奶中的某些菌种及酸性物质对牙齿有一定的损害，喝完后应及时漱口或刷牙。