胃肠镜检查一般对身体危害较小，但也可能存在一些相对少见的情况。通常来说，正规操作下胃肠镜检查引发严重危害的概率较低，不过仍需了解可能的情况。
操作过程中的轻微不适
检查时的不适： 在胃肠镜检查过程中，可能会让人感觉有腹胀、腹痛等不适，不过大多数人都可以耐受，一般检查结束后短时间内就能缓解。比如做胃镜时，可能会有恶心、想要呕吐的感觉，但通常持续时间较短。术后的轻微反应： 检查后可能会有咽部不适，尤其是做胃镜时，因为镜子经过咽部，可能会出现咽部疼痛、异物感等，一般1~2天就会消失；做肠镜后可能会有腹部轻微胀痛，多数人休息一段时间或者适当活动后就会缓解。
并发症风险极低但需重视
出血风险： 如果在胃肠镜检查时同时进行了活检或者息肉切除等操作，有极小的出血风险。但一般这种出血量很少，通过适当的处理就能止住。比如息肉切除后，医生会采取措施防止出血，大部分情况不会对身体造成严重影响。穿孔风险： 胃肠镜检查导致穿孔的情况非常罕见，发生率通常低于0.1%。一般是在操作不熟练或者患者肠道存在特殊情况（如肠道严重狭窄、有严重炎症等）时才可能发生，但一旦发生需要及时进行外科处理。
个体差异导致的特殊情况
对疼痛敏感的人群： 一些对疼痛比较敏感的人，可能会放大胃肠镜检查过程中的不适感觉。比如本身精神高度紧张的人，可能会觉得检查时的不适更明显，但这并不是胃肠镜本身对身体造成了危害，而是个体对刺激的反应不同。有基础疾病的人群： 对于本身有心脏病、高血压等基础疾病的人，在胃肠镜检查前需要进行评估。因为检查时的刺激可能会导致血压波动、心率变化等，但只要提前做好准备，规范操作，这种风险也是可以控制的，并不是胃肠镜检查会直接加重基础疾病，而是需要在专业医生评估下进行检查。