病毒性脑炎主要是由病毒感染引起的，常见的引发病毒有肠道病毒（如柯萨奇病毒、埃可病毒等）、单纯疱疹病毒、腺病毒等。一般来说，当人体免疫力下降时，这些病毒就容易侵犯中枢神经系统引发病毒性脑炎。
病毒直接入侵引发
肠道病毒入侵： 肠道病毒多通过消化道传播，比如被污染的水源、食物等。儿童由于卫生习惯相对较差，更容易接触到被肠道病毒污染的物品而感染，进而可能引发病毒性脑炎。肠道病毒感染后，会在肠道内大量繁殖，然后通过血液循环等途径到达中枢神经系统，直接侵犯脑组织。单纯疱疹病毒入侵： 单纯疱疹病毒可通过密切接触传播，比如接吻等。它可以潜伏在人体神经节内，当人体抵抗力降低时，病毒被激活，就会沿着神经轴突进入中枢神经系统，引起单纯疱疹病毒性脑炎。这种病毒对颞叶、额叶等部位的脑组织有较高的亲和性，容易导致这些区域出现炎症反应。
免疫系统反应异常导致
自身免疫机制紊乱： 当病毒感染人体后，人体免疫系统会被激活来对抗病毒。但有时候免疫系统会出现异常反应，错误地攻击自身的神经组织，引发自身免疫性脑炎。这种情况下，免疫系统的紊乱会导致中枢神经系统的炎症损伤，虽然是人体对病毒感染的过度免疫反应，但最终也会造成病毒性脑炎相关的神经功能损害。儿童免疫系统特点： 儿童的免疫系统还在发育过程中，相对较弱。在面对病毒感染时，儿童的免疫调节机制不如成人稳定，更容易出现免疫反应失衡的情况，从而增加了患病毒性脑炎的风险。例如，6岁以下儿童由于免疫系统尚未完全成熟，感染病毒后发生病毒性脑炎的概率相对较高。
宿主自身因素影响
年龄因素： 婴幼儿和老年人是病毒性脑炎的高发人群。婴幼儿的免疫系统还不完善，对病毒的抵御能力弱；老年人随着年龄增长，免疫系统功能衰退，身体各方面机能下降，所以更容易受到病毒的侵袭而引发病毒性脑炎。比如，在流感季节，65岁以上的老年人感染流感病毒后，发展为病毒性脑炎的可能性比年轻人高很多。基础疾病影响： 患有免疫缺陷疾病的人，如艾滋病患者，由于自身免疫系统存在严重缺陷，对病毒的抵抗力几乎为零，一旦感染病毒，很容易引发病毒性脑炎。还有长期使用免疫抑制剂的人，比如器官移植后需要长期服用免疫抑制剂来防止排异反应的患者，他们的免疫系统被抑制，也容易让病毒有机可乘，导致病毒性脑炎的发生。