病毒性脑炎主要是由病毒感染引起的，常见的引发病毒有肠道病毒、单纯疱疹病毒等。比如肠道病毒中的柯萨奇病毒、埃可病毒等，大约有80%的病毒性脑炎是由肠道病毒导致的。
病毒的入侵途径
经呼吸道侵入： 很多病毒可以通过空气传播，比如常见的疱疹病毒，能够通过飞沫经呼吸道进入人体。当人体免疫力下降时，病毒就容易趁机侵入，进而侵犯中枢神经系统引发脑炎。经消化道侵入： 像肠道病毒中的一些类型，可通过被污染的食物和水，经消化道进入人体。病毒在肠道内繁殖后，会进入血液循环，然后到达脑部引起炎症反应。
自身免疫力因素
儿童免疫力较弱： 儿童的免疫系统尚未发育完全，相对成年人更容易受到病毒的侵袭。比如6岁以下的儿童，由于免疫系统还不够成熟，感染病毒后引发病毒性脑炎的风险比成年人高。老年人免疫力下降： 老年人随着年龄增长，免疫力逐渐衰退，身体对病毒的抵御能力减弱。例如70岁以上的老年人，感染单纯疱疹病毒后，发生病毒性脑炎的几率会比年轻人高很多。
其他诱发因素
基础疾病影响： 患有某些基础疾病的人更容易患上病毒性脑炎。比如本身有艾滋病的患者，其免疫系统严重受损，感染病毒后引发脑炎的可能性大大增加。另外，患有白血病等血液系统疾病的人，由于机体免疫功能被破坏，也较易遭受病毒侵犯引发脑炎。环境因素影响： 长期处于卫生条件较差的环境中，会增加感染病毒的几率。比如在一些人口密集、通风不良的场所，病毒更容易传播，从而使人感染后引发病毒性脑炎。