肾结石疾病的发病原因较为复杂，主要与以下几方面因素有关。通常来说，尿液中某些物质浓度过高是引发肾结石的重要原因之一。
代谢异常相关因素
尿液成分异常： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增加时，就容易形成结石。比如，尿钙排泄增多，超过了尿液的正常承载能力，就可能逐渐析出形成含钙的肾结石。正常情况下，尿液中的各种成分处于动态平衡，但如果代谢出现问题，这种平衡被打破，就为结石形成创造了条件。尿酸代谢紊乱： 体内尿酸生成过多或者尿酸排泄减少，会使尿酸浓度升高。当尿酸在尿液中达到饱和状态时，就会结晶析出，进而形成尿酸结石。一些喜欢吃高嘌呤食物（如动物内脏、海鲜等）的人，就更容易出现尿酸代谢紊乱，增加尿酸结石的发病风险。
局部因素相关情况
尿路梗阻： 尿路任何部位的梗阻都会导致尿液排出不畅，使尿液在局部潴留。这样会造成尿液中晶体物质沉积，久而久之就容易形成结石。例如，输尿管狭窄会阻碍尿液的正常通过，使得尿液在输尿管内积聚，晶体物质不断沉积，最终形成结石。还有前列腺增生的患者，也可能因为尿道梗阻，引发肾结石。尿路感染： 尿路感染时，细菌、坏死组织等会作为核心，促使晶体附着沉积，从而形成结石。而且，感染产生的一些物质还会改变尿液的酸碱度，进一步促进结石的形成。比如，变形杆菌等细菌能将尿素分解为氨，使尿液碱化，导致磷酸镁铵及磷酸钙沉积形成结石。
其他相关因素
饮食因素： 长期摄入高钙、高草酸、高嘌呤的食物，会增加肾结石的发病几率。像菠菜、苋菜、巧克力等富含草酸的食物，如果大量食用，且身体代谢草酸的能力有限，就容易导致草酸在体内堆积，增加草酸钙结石的形成风险。而经常吃大鱼大肉等高嘌呤食物的人，尿酸生成增多，也易引发尿酸结石。地理环境与气候： 不同的地理环境和气候条件也会影响肾结石的发病。在炎热地区，人体出汗较多，尿液浓缩，容易使晶体物质沉淀，增加肾结石的发生概率。比如，沙漠地区的居民相对更容易患上肾结石。某些疾病影响： 一些疾病也可能与肾结石的形成有关，如甲状旁腺功能亢进症，会导致血钙升高，进而使尿钙排出增加，容易形成肾结石；还有肾小管酸中毒等疾病，会影响尿液的酸碱度和成分，为结石形成提供条件。