卵巢囊肿是否影响生育，与囊肿的性质、大小等因素有关。一般来说，直径小于5厘米的单纯性囊肿，对生育影响相对较小；而某些病理性囊肿可能会影响排卵、输卵管通畅等，从而影响生育，约有1/3的不孕患者与卵巢囊肿有关。
囊肿性质不同影响有别
生理性囊肿： 像卵泡囊肿和黄体囊肿比较常见，多是排卵或激素变化引起的，一般直径小于5厘米，通常会自行消失，对生育影响不大，多数女性仍能自然受孕。病理性囊肿： 比如巧克力囊肿，它是子宫内膜异位到卵巢形成的，会影响卵巢功能和盆腔环境，大概30% - 50%的子宫内膜异位症患者会伴有不孕；还有卵巢浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤等，较大的囊肿可能会压迫卵巢组织，影响排卵，进而影响生育。
囊肿大小与生育关联
较小囊肿： 直径在3厘米以内的囊肿，对卵巢的正常结构和功能影响较小，一般不影响排卵和输卵管的通畅性，对生育的影响相对微弱，很多女性仍可正常受孕。较大囊肿： 当囊肿直径超过5厘米时，就可能会占据卵巢的空间，影响卵巢的正常排卵功能，还可能压迫输卵管，影响卵子和精子的结合以及受精卵的运输，从而明显增加不孕的风险，这种情况可能需要手术干预后再考虑生育。
囊肿位置对生育的作用
卵巢表面囊肿： 如果囊肿长在卵巢表面，可能会影响卵子的排出，使卵子难以顺利进入输卵管，从而干扰受孕过程。卵巢内部囊肿： 要是囊肿位于卵巢内部实质部分，可能会破坏卵巢的正常结构，影响卵泡的发育和成熟，进而影响生育能力。比如一些复杂的卵巢囊肿，可能会破坏卵巢内的正常组织，导致排卵异常，大大降低受孕几率。