卵巢囊肿是否会影响生育，需分情况来看。一般来说，直径小于5厘米的单纯性囊肿，约有1/3的概率不影响生育；但如果囊肿较大或为巧克力囊肿等特殊类型，就可能影响。
囊肿性质与生育的关系
生理性囊肿：
滤泡囊肿： 这是最常见的生理性囊肿，多在月经周期的特定阶段出现，一般直径小于5厘米，通常会在2 - 3个月经周期内自行消失，这种情况下对生育影响较小，大约90%的生理性滤泡囊肿不影响正常排卵和受孕过程。黄体囊肿： 多在排卵后形成，一般直径也小于5厘米，多数可自行消退，对生育的影响相对轻微，一般不影响当月的受孕几率，不过如果囊肿持续存在超过3个月，可能需要进一步关注。
病理性囊肿：
巧克力囊肿： 属于子宫内膜异位症的一种表现，这种囊肿会影响卵巢的正常功能，破坏卵巢组织，大约有50% - 70%的巧克力囊肿患者会出现不孕的情况。它会干扰排卵、影响卵子的拾取以及输卵管的蠕动，从而阻碍受孕。浆液性囊腺瘤或黏液性囊腺瘤： 这类囊肿如果体积较大，超过5厘米，就可能压迫卵巢组织，影响卵巢的正常结构和功能，进而影响排卵和卵子的质量，大约有40% - 60%的较大的浆液性或黏液性囊腺瘤患者会出现生育方面的问题，比如排卵异常或者受精卵着床困难等情况。
囊肿大小与生育的关联
较小囊肿（直径≤5厘米）：
如果卵巢囊肿直径小于5厘米，且经过检查确定为良性、非赘生性囊肿，那么对生育的影响相对有限。大约80%左右的此类囊肿患者仍有自然受孕的可能，但需要定期进行超声监测，观察囊肿的变化情况。如果囊肿在观察期间没有增大或消失，一般不影响正常的备孕计划，可以正常尝试怀孕。
较大囊肿（直径>5厘米）：
当卵巢囊肿直径超过5厘米时，就可能对生育产生较为明显的影响。较大的囊肿会占据卵巢的空间，影响卵巢的正常形态和功能，干扰卵子的排出和拾取，还可能影响输卵管与卵巢的相对位置，从而降低受孕几率。大约有70%以上的直径大于5厘米的囊肿患者会出现生育方面的障碍，这种情况下可能需要考虑进行手术治疗后再尝试怀孕。
囊肿位置与生育的关系
囊肿位于卵巢表面：
如果卵巢囊肿长在卵巢表面，相对来说对卵巢内部结构的影响可能相对较小，但如果囊肿较大，也可能会影响卵巢的排卵功能以及卵子的排出路径。大约有60%左右的卵巢表面囊肿患者在经过适当处理后仍可尝试生育，但需要密切监测排卵情况。
囊肿位于卵巢实质内：
当囊肿长在卵巢实质内时，会直接破坏卵巢的正常组织，影响卵子的生成和发育。这类囊肿对生育的影响较大，大约有80%以上的卵巢实质内囊肿患者会出现不同程度的生育问题，可能需要及时进行手术干预，并且术后需要较长时间的恢复来评估生育能力。