2岁宝宝发烧39℃，首先应在医生指导下进行处理，包括药物治疗与物理降温，同时要密切关注孩子状况。
一、药物治疗：
1.对于发烧39℃的宝宝，可口服退烧药如布洛芬或乙酰氨基酚来控制体温，也可将退热栓塞入肛门进行治疗。
(1)若使用退烧药后温度显著下降，且无反复发烧情况，通常体温已基本得到控制。
(2)若使用退烧药后体温下降不明显，或总是反复发烧，则需前往医院检查，明确病因后进行针对性治疗。
二、物理降温：
1.可给孩子进行温水浴以帮助散热。
2.还可用温水擦拭额头、腋下等部位降低宝宝体温。
3.同时要让孩子多喝水，促进身体代谢，通过尿液排出帮助降温，但一定要注意保暖，防止着凉加重病情。
总之，当2岁宝宝发烧39℃时，要及时采取有效的治疗措施来控制体温，并细心观察孩子的情况，以便根据具体情况做出相应调整和处理。