脑干梗塞最佳治疗通常要在发病4.5小时内争取溶栓治疗，比如常用的阿替普酶溶栓，能一定程度恢复血流。
急性期药物治疗
溶栓药物： 像阿替普酶是常用的溶栓药，可溶解血栓，恢复脑部血流，但需在发病4.5小时内应用，能降低脑干梗塞的严重程度。抗血小板聚集药物： 阿司匹林等药物能抑制血小板聚集，防止血栓进一步形成，有助于减少脑干梗塞复发风险。
控制基础疾病
高血压管理： 脑干梗塞患者若有高血压，需将血压控制在合适范围，一般要把收缩压控制在140mmHg以下，可通过口服降压药等方式来调控血压。糖尿病控制： 有糖尿病的脑干梗塞患者，要严格控制血糖，可通过饮食、运动以及降糖药物（如二甲双胍等）来使血糖达标，避免高血糖加重病情。
康复治疗
早期康复介入： 一般在病情稳定后48 - 72小时就可开始康复治疗，包括肢体的被动运动，由医护人员或家属帮助患者活动瘫痪肢体，防止肌肉萎缩和关节僵硬。语言康复训练： 如果脑干梗塞影响语言功能，会进行语言康复训练，比如从简单的发音练习开始，逐步进行语句表达等训练，帮助患者恢复语言能力。
手术治疗情况
血管内介入治疗： 对于大血管闭塞导致的脑干梗塞，在合适时机可考虑血管内介入治疗，像取栓术等，通过导管等器械取出堵塞血管的血栓，恢复血管通畅，但有严格的时间窗和适应证要求，一般发病6 - 24小时内若符合条件可考虑。减压手术： 当脑干梗塞引起严重脑水肿导致颅内压急剧升高时，可能需要进行去骨瓣减压手术，缓解颅内高压，挽救患者生命，但手术风险相对较高。