消化不良可以使用一些促胃肠动力药、助消化药等。比如促胃肠动力药中的多潘立酮，一般能在一定程度上缓解消化不良症状。
常用的助消化药物
胃蛋白酶合剂： 含有胃蛋白酶等成分，能帮助消化蛋白质，适用于消化功能减退引起的消化不良。它是一种传统的助消化药物，可在饭前或进餐时服用。乳酶生： 是活肠球菌的干燥制剂，能在肠内分解糖类生成乳酸，使肠内酸度增高，从而抑制腐败菌的生长繁殖，并防止肠内发酵，减少产气，起到助消化的作用，一般建议饭后服用。
促胃肠动力药物
多潘立酮： 能直接作用于胃肠壁，可增加食管下部括约肌张力，防止胃-食管反流，增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，抑制恶心、呕吐，并能有效地防止胆汁反流，不影响胃液分泌。成人一般可以服用，但儿童使用需谨慎，要在医生指导下根据体重等情况使用。莫沙必利： 是一种选择性5-羟色胺4（5-HT4）受体激动剂，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善功能性消化不良患者的胃肠道症状，但不会影响胃酸的分泌。
抑制胃酸分泌的药物
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，通过抑制胃壁细胞上的质子泵来减少胃酸分泌。如果消化不良是由胃酸分泌过多导致胃黏膜受到刺激引起的，使用奥美拉唑等药物可以缓解症状。比如一些因胃酸过多出现反酸、烧心等伴随消化不良表现的患者可以使用，但长期使用需注意可能带来的一些潜在影响，要在医生指导下使用。雷尼替丁： 是H2受体拮抗剂，能竞争性阻断组胺H2受体，抑制组胺或五肽胃泌素刺激引起的胃酸分泌，降低胃酸和胃酶活性，主要用于胃酸分泌过多所致的消化不良等情况。
调节肠道菌群的药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等肠道有益菌，能补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，改善因肠道菌群失调引起的消化不良，比如腹泻、腹胀等伴随消化不良的情况，儿童也可以在医生指导下使用。枯草杆菌二联活菌颗粒： 含有枯草杆菌和肠球菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道内菌群失调的目的，适用于因肠道菌群失调引起的消化不良等肠道功能紊乱症状。