不明原因低烧通常指体温在37.3℃ - 38℃之间，持续三周以上找不到明确病因的情况，常见的三大疾病有结核病、自身免疫性疾病、慢性感染性疾病。
一、结核病
结核病是由结核分枝杆菌引起的慢性传染病，可累及多个脏器，低烧是常见症状之一，还可能伴有咳嗽、咳痰、乏力、盗汗等表现。结核菌可通过空气传播，免疫力低下人群更易感染。例如肺结核，肺部感染结核菌后，机体免疫反应会引发长期低烧。
二、自身免疫性疾病
自身免疫性疾病是机体免疫系统错误地攻击自身组织器官导致的疾病。像系统性红斑狼疮，患者免疫系统紊乱，会出现低烧，还可能有面部红斑、关节疼痛等症状。这类疾病的发生与遗传、环境等多种因素有关，女性相对更易患病。
三、慢性感染性疾病
某些慢性感染也会导致不明原因低烧，比如慢性肾盂肾炎，除了低烧，还可能有尿频、尿急、尿痛等泌尿系统症状。其发病与细菌等病原体长期感染肾脏有关，不同人群因生活方式等因素感染风险不同。