婴儿黄疸高主要是因为胆红素生成过多、肝脏胆红素代谢障碍、胆汁排泄障碍等原因。新生儿出生后，胆红素产生量约为成人的2倍，若红细胞过多或寿命短等，就易导致胆红素生成多，比如早产儿胆红素生成可能比足月儿更多。
胆红素生成过多方面
红细胞增多症： 若婴儿有脐带结扎延迟等情况，可能引发红细胞增多症，使得红细胞破坏增多，胆红素产生增加。一般这种情况需要医生评估具体处理方式。同族免疫性溶血： 如母婴血型不合，像ABO血型不合或Rh血型不合等，母亲的抗体通过胎盘进入胎儿体内，破坏胎儿红细胞，从而使胆红素生成增多。比如ABO血型不合较为常见，发生概率相对较高。
肝脏胆红素代谢障碍方面
肝酶系统发育不完善： 新生儿肝脏内的尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶（UDPGT）活性较低，使得未结合胆红素转化为结合胆红素的能力不足。通常要等婴儿逐渐长大，肝酶系统发育完善后，情况会有所改善，但早期可能导致黄疸高。肝细胞摄取胆红素能力低下： 新生儿在出生后的一段时间内，肝细胞摄取胆红素的功能相对较弱，不能及时将过多的未结合胆红素摄取处理，进而使得血液中胆红素积聚，引起黄疸高。
胆汁排泄障碍方面
新生儿肝炎： 多由病毒感染等引起，如巨细胞病毒、乙型肝炎病毒等感染新生儿肝脏，导致肝细胞受损，影响胆汁排泄，使得胆红素排泄不畅，从而出现黄疸高的情况。患病婴儿可能还会伴有肝脾肿大等表现。胆道闭锁： 这是一种比较严重的情况，是由于胆道发育异常，导致胆汁排出受阻，胆红素在体内堆积，引起黄疸进行性加重。一般出生后2周左右黄疸仍不消退且逐渐加重时，要高度怀疑胆道闭锁。