肾盂肾炎主要通过药物治疗来控制感染，一般来说，使用抗生素是主要的治疗手段。比如，对于急性肾盂肾炎，通常需要使用抗生素10~14天左右来彻底清除细菌。
抗生素选择
常用抗生素： 头孢菌素类药物是常用的，像头孢呋辛等，它能抑制细菌细胞壁的合成，从而起到杀菌作用。喹诺酮类药物： 诺氟沙星也是治疗肾盂肾炎的常用药，它可以阻碍细菌DNA旋转酶的活性，进而抑制细菌DNA的合成和复制。
一般治疗
休息方面： 患者需要充分休息，一般建议休息1~2周，让身体有足够的能量来对抗感染。多饮水： 要保证每天的饮水量在2000毫升以上，这样可以多排尿，通过尿液的冲刷作用，有助于将细菌排出体外。
对症治疗
发热止痛： 如果患者有发热症状，体温超过38.5℃时，可以使用对乙酰氨基酚来退热止痛。不过要注意，儿童使用退烧药时要根据体重精确计算剂量。缓解尿路刺激征： 对于尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状明显的患者，可以使用碳酸氢钠碱化尿液，从而减轻尿路刺激症状。但肾功能不全的患者使用时要谨慎。