月经结束后第三天同房是否会怀孕，需要根据个人的月经周期、经期长短以及是否规律等情况来综合判断，不能一概而论。以下是一些可能的情况：
1.一般不会怀孕：如果月经周期规律，经期较短（小于等于七天），月经结束后第三天通常处于安全期，怀孕的几率较小。
2.可能会怀孕：如果月经周期不规律、经期较长或存在额外的排卵情况，那么月经结束后第三天仍有可能处于排卵期，此时同房怀孕的几率就会增加。
3.其他因素：精子在女性体内可存活数天，而卵子排出后可存活1-2天，因此安全期避孕法并不十分可靠。此外，一些疾病或药物也可能影响排卵，导致安全期的计算不准确。
需要注意的是，每个人的身体状况和生理情况都有所不同，以上只是一些常见的情况。如果担心怀孕，建议采取可靠的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等。如果出现月经推迟或其他异常情况，应及时进行验孕或就医检查，以确定是否怀孕或存在其他健康问题。
对于一些特殊人群，如月经不规律、有多囊卵巢综合征等疾病的女性，或者正在服用影响月经和排卵的药物的女性，怀孕的风险可能会更高。在这些情况下，建议咨询医生或专业的医疗机构，以获取更准确的建议和指导。
总之，虽然月经结束后第三天同房怀孕的几率相对较小，但仍不能完全排除怀孕的可能。为了避免意外怀孕和其他健康问题，建议采取适当的避孕措施，并关注自己的月经周期和身体变化。如果对怀孕或避孕有任何疑问，应及时咨询医生。