怀孕期做亲子鉴定主要有两种方式，一是无创胎儿亲子鉴定，一般在怀孕7周以上可进行，通过采集孕妇外周血，利用新一代DNA测序技术对游离DNA片段进行测序分析，从而判断胎儿与假定父亲的亲缘关系，其安全性高，对孕妇和胎儿影响小；二是羊水穿刺亲子鉴定，通常在怀孕16 - 22周进行，需抽取羊水样本，检测胎儿细胞的DNA来确定亲子关系，但该操作有一定流产风险，需谨慎考虑。
无创胎儿亲子鉴定的优势
无创胎儿亲子鉴定无需穿刺羊水或绒毛，极大降低了流产等风险，对孕妇和胎儿的创伤极小，且检测准确性较高，能在较早孕周进行检测，为孕妇提供更早的亲子关系判定结果。
羊水穿刺亲子鉴定的局限性
羊水穿刺亲子鉴定存在流产的潜在风险，因为它是有创操作，需要穿刺抽取羊水，会对子宫内环境产生一定影响，而且检测时间相对较晚，一般在怀孕中期才能进行。
怀孕期做亲子鉴定的注意事项
进行怀孕期亲子鉴定时，要选择正规的医疗机构或鉴定机构，确保检测过程规范、结果准确。同时，要充分考虑自身的身体状况和心理承受能力，尤其是选择羊水穿刺亲子鉴定时，需与医生充分沟通，了解操作的风险和收益。对于高龄孕妇、有流产史等特殊情况的孕妇，更要谨慎权衡利弊后再做决定。