怀孕期间做亲子鉴定主要有以下几种方法：
一、静脉血采集：在怀孕期间可抽取孕妇的静脉血，对孕妇静脉血中胎儿的脱氧核糖核酸进行采集，再将其与男性的脱氧核糖核酸作对比，这样能鉴定胎儿是否与该男性有亲子关系，此方法能有效规避胎儿宫内感染风险。
二、绒毛膜取样术：怀孕期间可以采取绒毛膜取样术来做亲子鉴定，通常是经阴道穿刺抵达胚胎绒毛膜表面以采集胎儿的绒毛组织，接着与男性的脱氧核糖核酸进行对比，该方法准确率较高，但存在一定风险。
三、羊水穿刺：怀孕期间也能通过羊水穿刺进行亲子鉴定，一般是提取孕妇的羊水，然后分离羊水中的脱落细胞并加以培养。因为羊水中的脱落细胞代表着胎儿的染色体和脱氧核糖核酸，将脱落细胞中的脱氧核糖核酸与男性的脱氧核糖核酸进行对比，这种方法的准确率也是较高的。
总之，怀孕期间有多种方法可用于亲子鉴定，每种方法都有其特点和风险，需要根据具体情况谨慎选择。