治疗直肠炎的药物有多种，其中氨基水杨酸制剂较为常用，像柳氮磺吡啶，它能在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制炎症反应，一般适用于轻中度直肠炎患者。
抗炎类药物
糖皮质激素： 如泼尼松等，对于炎症较重的直肠炎患者可能会使用。但长期使用可能会有一些副作用，比如导致骨质疏松等，需要在医生严密监测下使用。免疫抑制剂： 像硫唑嘌呤，适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或有激素依赖的患者，不过这类药物起效相对较慢，而且可能会有骨髓抑制等不良反应，用药期间需定期监测血常规等指标。
保护肠黏膜药物
蒙脱石散： 它可以覆盖在肠黏膜表面，起到保护肠黏膜的作用，能吸附肠道内的毒素等，对于直肠炎引起的腹泻等症状有一定缓解作用，一般可以按说明书服用。康复新液： 局部使用康复新液可以促进直肠黏膜的修复，通过喷洒等方式应用于直肠部位，帮助受损的黏膜恢复。
微生态制剂
双歧杆菌三联活菌胶囊： 这类药物可以调节肠道菌群，改善肠道微生态环境，对于直肠炎伴有肠道菌群失调的患者有一定益处。它能补充肠道有益菌，抑制有害菌的生长，从而有助于肠道功能的恢复。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 也能调节肠道菌群，维持肠道菌群平衡，对直肠炎导致的肠道功能紊乱有一定的调节作用。不过，使用微生态制剂时要注意避免与抗菌药物同时服用，以免影响药效。