灰指甲的治疗方法有多种，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式来改善，其中口服抗真菌药物相对较为有效的，比如伊曲康唑等，通常需要连续服用数月。
外用药物治疗
局部涂抹制剂： 像阿莫罗芬搽剂就可以用于灰指甲的治疗。它能在指甲表面形成一层药膜，抑制真菌生长。不过使用时要注意，需先将病甲尽量修薄，然后再涂抹，一般每周使用1 - 2次。复方制剂： 有些复方的外用抗真菌药膏也可用于轻症灰指甲。但外用药物治疗的疗程相对较长，通常需要坚持使用3 - 6个月甚至更久，而且对于较严重的灰指甲，单纯外用药物效果可能不太理想。
口服药物治疗
伊曲康唑： 它是一种常用的口服抗真菌药，采用冲击疗法，即服用1周，停药3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它能抑制真菌的麦角固醇合成，从而发挥抗真菌作用。不过服用前需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响。特比萘芬： 也是口服抗真菌药物，每天服用一次，一般疗程相对伊曲康唑短一些，通常手指甲灰指甲需要服用6 - 8周，脚趾甲灰指甲需要服用12 - 16周。同样，服用前也需要关注肝功能情况。
手术治疗
拔甲术： 过去曾采用拔甲的方法治疗灰指甲，但现在应用相对减少。因为拔甲创伤较大，而且术后恢复时间较长，并且新长出的指甲仍有可能再次感染真菌。一般只有病甲情况较为严重，其他治疗方法效果不佳时才会考虑拔甲术，术后还需要配合抗真菌药物治疗。在治疗灰指甲时，患者要注意保持足部或手部的清洁干燥，穿透气性好的鞋袜，避免与他人共用拖鞋、脚盆等物品，防止交叉感染。同时，要按照医生的建议坚持治疗，定期复查，观察治疗效果和指甲的恢复情况。