灰指甲治疗方法需根据病情选择，一般外用药物与口服药物结合效果较好。通常外用抗真菌药膏如阿莫罗芬搽剂，每周使用1 - 2次，坚持数月可能见效。
外用药物选择
阿莫罗芬搽剂： 属于局部抗真菌药，能抑制真菌细胞膜合成。使用时需先清洁病甲，然后将搽剂涂抹于病甲及周围皮肤，每周使用1 - 2次，一般需要连续使用数月。环吡酮胺乳膏： 对皮肤癣菌、酵母菌等有抗菌作用。外用时取适量乳膏涂抹在病甲上，轻轻按摩至吸收，一天使用1 - 2次。
口服药物治疗
伊曲康唑： 是一种合成的三氮唑类抗真菌药，采用冲击疗法，即连续服用1周，停药3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它能干扰真菌细胞色素P450的活性，从而影响真菌细胞膜合成。特比萘芬： 能选择性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜麦角固醇的合成，发挥抗真菌作用。通常每天口服一次，连续服用数周，具体疗程需根据病情而定。
手术治疗情况
拔甲术： 对于单发的灰指甲，可以考虑拔甲。但拔甲后新长出的指甲可能仍会受到真菌影响，而且拔甲过程会比较疼痛，术后恢复也需要一定时间，一般术后要保持伤口清洁，避免感染，大约需要2 - 3个月新指甲才能完全长出。激光治疗： 利用激光的光热效应破坏真菌。一般需要多次治疗，每次治疗时间较短，间隔一定时间进行下一次治疗。激光治疗相对无创，但费用可能较高，且并非所有患者都能取得立竿见影的效果。